Charles-Louis-Fleury Panckoucke est lié à Paris, le 23 décembre 1780. Il avait dix-sept ans quand il perdit son père, Charles-Joseph Panckoucke, qui, comme lui, fut un imprimeur distingué. Peu après, nonobstant sa jeunesse, il fut nommé secrétaire de la présidence du sénat, fonctions qu'il abandonna en 1807, pour se livrer, comme son père, à de grandes entreprises d'imprimerie et de librairie.
Sa première opération fui le Dictionnaire des sciences médicales, auquel travaillaient les Alibert, les Marc, les Pinel, les Larrey, etc. : vaste répertoire, en 60 vol. in-8°, où sont analysé, les misères de la nature humaine et les moyens les plus efficaces d'y remédier.
Encouragé par le succès de cette première entreprise, il enrichit bientôt après la botanique d'un ouvrage précieux , la Flore médicale, dont une partie des peintures est due an talent remarquable de Mme Panckoucke.
Ce dernier ouvrage fut suivi de la Biographie médicale, et d'un Journal complémentaire des sciences médicales.
Après 1815, M. Panckoucke publia son grand ouvrage des Victoires et Conquêtes des Français, monument national destiné à consoler nos braves par le spectacle de leurs anciennes vertus guerrières, et à perpétuer la mémoire de leurs exploits.
La Description de l'Égypte, histoire complète de notre expédition et de l'Égypte elle-même, en 26 volumes in-8°, accompagnés de 887 planches, suivit de près la publication des Victoires et Conquêtes, ainsi que le Barreau français, contenant tous les chefs-d'oeuvre de l'éloquence judiciaire en France. Ces publications, d'un ordre élevé, furent couronnées par une entreprise colossale, la traduction des auteurs latins, avec le texte en regard.
Les travaux littéraires de M. Panckoucke ont contribué également à sa réputation. Ses études classiques étaient à peine terminées, qu'il prononça, sous le titre de l'Influence des lois sur la morale, un discours qui fut accueilli favorablement et inséré, sur la demande de M. Lanjuinais, an Bulletin de l'Académie de législation.
Bientôt après, il publia un petit ouvrage, intitulé : Études d'un Jeune homme.
En 1801, il fit paraître un opuscule sous ce titre : De l'exposition, de la prison, de la peine de mort, avec cette épigraphe : Point d'humiliation, point de désespoir, point de sang.
Dès 1803, M. Panckoucke avait donné des fragments de la Vie d’Agricola. En 1824, il publia une traduction complète de la Germanie, avec un nouveau commentaire extrait de Montesquieu et des principaux publicistes, et, en 1827, l'Ile de Staffa et sa grotte basaltique, grand in-folio, avec carte et planches; enfin, la traduction des Oe uvres complètes de Tacite, ouvrage adopté par le conseil de l'instruction publique.
Comme imprimeur, M. Panckoucke ne fut pas au-dessous de sa réputation littéraire et de la célébrité qu'il s'était acquise comme éditeur.
En 1827, il présenta à l'exposition des produits de l'industrie une magnifique édition latine des Oeuvres complètes de Tacite, en 4 volumes in-folio, tirée seulement à 80 exemplaires. A cette occasion, M. Panckoucke reçut la médaille d'or décernée par le jury d'exposition. Il fut décoré en 1826 et élevé plus tard au grade d'officier de la Légion d'honneur.
Il était associé correspondant de la société des Antiquaires d'Edimbourg, de la société de l'Ouest, des Académies d'archéologie de Rome et de Naples, de la société de Géographie et de plusieurs autres corps savants.
Charles-Louis Panckoucke est mort laissant une grande fortune. Son fils, M. Ernest Pauckoucke, gère aujourd'hui l'imprimerie que lui a léguée son père. Il est propriétaire du journal officiel le Moniteur universel, et auteur d'une traduction estimée des Fables de Phèdre, et de plusieurs parties de la Bibliothèque latine-française, dont il a été un des collaborateurs.